Entwurfsbestimmend ist der mit einem transparent verglasten Trägerrost überdachte Innenhof des Gsaengertrakts, der in seiner vollen Höhe als Museumshalle begriffen wird und von verschiedenen Seiten ganztägig zugänglich ist. In die Halle wird das erforderliche Erweiterungsvolumen als „Kubus“ eingestellt, welcher von den umgebenden Hoffassaden abgesetzt und nur stellenweise über Verbindungsbrücken an die umgebenden Geschossebenen angeschlossen ist. Um den eingestellten orthogonalen Körper, der für Wechselausstellungen vorgesehen ist, entstehen Lichthöfe unterschiedlicher Dimensionierung und Charakteristik. Der Bezug und Dialog zwischen dieser orthogonalen Ordnung und den umgebenden polygonalen Bestandsebenen wird durch Galerien ermöglicht, die ebenfalls als Ausstellungs- und Verweilflächen dienen. Über diese Umgänge kann der Kubus flexibel mit den angrenzenden Ausstellungsflächen gekoppelt werden, so dass sich unterschiedlichste Nutzungsvarianten zwischen dauerhaften und wechselnden Ausstellungsszenarien herstellen lassen. Im Inneren des Kubus wechseln die Raumhöhen zwischen ein- und zweigeschossig, um auch größere Objekte ausstellen zu können. Die oberen Ebenen des Kubus können optional mit gedämpftem Tageslicht über Oberlichter oder als Dunkelraum betrieben werden. Die signalhafte Aufwertung des gesamten Museumskomplexes wird durch die großzügige erdgeschossige Öffnung der neuen Museumshalle in Richtung Rindermarkt/Marienplatz erzielt. Die heute kaum als Museum erkennbare Außenerscheinung des Gesamtkomplexes erhält künftig mit dieser „Museumspassage“ eine „erste Adresse“, während über den südlichen Innenhof ein weiterer Zugang erhalten bleibt. Der südliche Bereich des Gesamtkomplexes, bestehend aus Zeughaus, Marstall, Leitenstorfer- und Hofmanntrakt, bleibt mit Ausnahme des Zeughauses, der Gastronomie und des Kinos im Wesentlichen den halböffentlichen bis internen Nutzungen vorbehalten, ebenso wie Teile der vierten Ebene des Gsangertrakts.
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